Здравствуйте, естественно суд примет во внимание обе экспертизы. Но, согласно статье 67 ГПК РФ, никакие доказательства не имеют для суда заранее установленной силы.
Суд примет решение исходя из оценки относимости, допустимости, достоверности каждого доказательства в отдельности, по своему внутреннему убеждению, основанному на всестороннем, полном, объективном и непосредственном исследовании этих доказательств
Ваша задача сформировать внутреннее убеждение судьи, что именно экспертиза которая выгодна вам, является единственно верной. Соберите дополнительные доказательства, такие как мнения специалистов по данному вопросу, дополнительная экспертиза или другие доказательства Вашей позиции.