В принципе, практика ФНС показывает, что на этом основании взыскивают неуплаченный в бюджет НДС с предприятия, получившего освобождение от НДС, так как фактически НДС не поступил от вашего контрагента с продажи товара и государство недополучило доход. На основании п.1 ст. 122 НК РФ с вас могут взыскать штраф в размере 20% от недоплаченной в бюджет суммы, если установят факт недобросовестности ваших действий.