В Вашем случае надо руководствоваться ст.51 Градостроительного кодекса РФ. В этом случае, если Вы не получали разрешения на реконструкцию старого или возведение нового дома в своём муниципалитете, то будет считаться, что на Вашем участке находится «самострой». Он требует учёта в соответствии со ст.222 ГК РФ.
Сейчас идите в свой муниципалитет и получите разрешение на ввод дома в эксплуатацию. Отказать могут только, если в процессе строительства Вы нарушили чьи-то права или этот дом будет угрожать жизни и здоровью других людей. Если разрешение не захотят выдавать, пусть обоснуют свои требования. Исходя из практики, Ваш «самострой» обязаны узаконить. Если откажут — обращайтесь в суд.