Руководствуйтесь в этом случае ч.7 ст. 52 ГК РФ. Здесь указано, что в случае несущественного отступления от проекта будущему собственнику не могут отказать в выдаче разрешения на ввод дома в эксплуатацию. По этой же причине, не могут отказать в оформлении права собственности на жилое строение.
Исходя из сложившейся практики работы служб госстройнадзора и экспертизы, учитывая вынесенные ранее судами решения по подобным искам, отклонение от проектной документации в пределах 5% является допустимым. Поэтому если в Вашем случае отклонения совсем небольшие, Вы вправе подать в суд при отказе ввода в эксплуатацию или в регистрации права собственности. Шанс выиграть дело у Вас реальный.